病理学

痰、尿、分泌物などに含まれる細胞の検査を行う。検査対象は個々の細胞であり標本に含まれる細胞の異型度や分化度などの特徴を調べる。

患者の負担は比較的軽い検査であり病気のスクリーニングに用いられる。細い針で穿刺して注射器で検体を吸引する場合や内視鏡を用いて病変部を採取する場合もある。パパニコロー分類や陰性/陽性で判定がなされる。病変の存在推定など補助診断が可能であるため重要な検査方法のひとつとなっている。

生検組織診

検査対象は各種生体組織である。細胞診よりも多くの情報を得ることができる。例えば内視鏡検査で胃に病気が見つかった場合には内視鏡下でその部分の組織を一部採取してくる。その後病理部門で標本に染色を施し顕微鏡で病理検査を行い診断をつけていく。

術中病理診断

迅速病理診断とも呼ばれる。手術中に病名（特に腫瘍の組織型）の診断が必要になった場合や、進行具合の検査が必要な場合には、手術中に組織を採取して病理部門にて検査を行い、腫瘍の切除範囲は十分であるか、腫瘍の性質は良性悪性どちらであるか、などの術式決定に関わる情報を提示する。

細胞診を除く多くの病理検査は、検体の蛋白質をホルマリンで固定した後に組織の水分をパラフィンに置き換えたもの（＝パラフィンブロック）を造って薄切・染色するという工程をとるので、どうしてもある程度の時間が必要であるが、それでは手術が終わるのに間に合わないので、代わりに検体を液体窒素などで凍結させたものを薄切することによって、標本を作成する。この方法だと短時間で必要な情報が得られはするものの、凍結時に細胞が破壊される等の理由により、顕微鏡標本の出来はどうしてもパラフィン包埋したものより劣るので、通常の組織診断がこの方法に取って代わられることはない。